В коллекцию входят минералы, образцы руды, боксита, окаменевшие остатки растений и живых организмов, чучела животных и птиц. Всего  естественно-научная коллекция Лисаковского музея истории и культуры верхнего Притоболья   насчитывает  более  800 единиц хранения.